工作中要求水、电、蒸汽、压缩空气的供应必须完全可靠。食品所经过的系统必须保证无菌，食品灌装进入包装容器时所经过的空间环境要保证无菌。
此外，无菌包装一般都要用大型设备，尤其是食品灭菌机和无菌包装机，设备投资大，成本较高；操作和管理的卫生要求严格，难度大，一旦污染将会成批报废，造成浪费，损失很大，而且从头到尾的各个环节必须重新灭菌；设备和产品的专一性强，不适宜生产小批量多品种的产品，泛用性差；无菌包装难以应用在高粘度食品以及固体食品上，一般只用于流动性较好的食品。
无菌包装要求从食品经灭菌到无菌充填到包装密封的整个工艺过程中防止外部微生物的侵入污染，食品流经的各个连接部位要保证可靠的密封，防止食品受到来自系统外部的微生物污染，在无菌包装过程中要充分注意微生物的二次污染，尽量缩短杀过菌的食品和包装容器与空气直接接触的时间。在食品包装前，首先应对包装机械及操作环境进行无菌处理。
包装机械可用热碱水洗涤，经稀盐酸中和，热水冲洗，再用高温蒸汽灭菌。操作环境可采用化学灭菌和物理灭菌并用的方法进行无菌处理，一般无菌室安装有空气过滤装置和紫外线灭菌装置，用以保持无菌室经常性的无菌状态。可定期地进行紫外线照射以杀灭游离于空气中的微生物。保证无菌室的洁净度、温度和湿度都应符合规定的标准（温度一般控制在18摄氏度左右，湿度一般为55%左右）。
操作环境除菌是防止细菌和其它污物进入操作环境。除菌主要采用过滤和除尘方法实现，一般无菌操作空间的空气需经消毒、二级过滤和加热消毒产生无菌过压空气，其过压状态保证避免环境有菌空气渗入无菌工作区。包装机械的灭菌常用环氧乙烷处理，由于环氧乙烷气体对乙烯基塑料有渗透作用，而包装机中许多与食品接触的部件往往是由乙烯基塑料制成，因此，当用环氧乙烷灭菌时，应采取升温和减压的方法加速其挥发逸出。
在输送过程中，要保持接管处、阀门、热交换器、均质机、泵等的密封性和系统内部保持正压状态，以保证外部空气不进入。同时要求输送线路尽可能简单，以利于清洗。无菌包装系统设备灭菌处理一般采用CIP原位清洗系统实施，可根据产品类型可按灭菌要求设定清洗程序。要在无菌操作环境中设立检测装置以监控环境中微生物数量，保证包装产品的无菌。
保证包装封口无菌：包装封口对无菌包装来说是环节，也是关键的一个环节，直接影响产品的包装品质和储存期。其要求是一方面是能防止微生物和气体或水蒸气侵入，另一方面是不能让产品自身的气味和原液溢出。多数无菌包装封口采用热封、超声波封、胶封或气封，有些用折叠、咬合封口。
封口时应注意压力要均匀分布于密封表面；封口过程的条件如封口温度、时间、压力必须有安全界限，并能控制；封口表面应避免产品或其他污物污染；封口位置必须准确，特别是热成型／灌装／封口同机进行情况下更应防止封口位置发生偏差。
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